Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan telah mengeluarkan Permendikbud Nomor 76 tahun 2012 tentang Petunjuk Teknis Penggunaan dan Pertanggungjawaban Keuangan Dana Bantuan Operasional Sekolah (BOS) Tahun Anggaran 2013. Petunjuk Teknis tersebut selanjutnya disebut Juknis BOS Tahun 2013 yang merupakan acuan atau pedoman dalam penggunaan dana BOS tahun anggaran 2013.
Program BOS mengalami perubahan mekanisme penyaluran sesuai Undang-Undang APBN yang berlaku. Sejak tahun 2012 penyaluran dana BOS dilakukan dengan mekanisme transfer ke provinsi. Pelaksanaan program BOS diatur dengan 3 peraturan menteri, yaitu: Menteri Keuangan, Menteri Dalam Negeri, dan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan.

